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医院注重学科建设和人才培养，以科技提高医疗质量，促进医院可持续发展。
拥有国家重点学科2个：内科学（传染病学）、外科学（普外）；
国家临床重点专科22个：检验科、重症医学科、心血管内科、心脏大血管外科、口腔颌面外科、临床护理专业、血液内科、普外科、肾病科、消化内科、泌尿外科、呼吸内科、麻醉科、卫生部多器官联合移植研究重点实验室、器官移植科、感染病科、临床药学、老年病科、肿瘤科、神经外科、病理科、卫生部传染病重点实验室；
浙江省一流学科（十三五期间）：临床医学、口腔医学
国家临床医学研究中心1个：感染性疾病（病毒性肝炎）国家临床医学研究中心；
国家重点实验室1个：传染病诊治国家重点实验室；
2011协同创新中心1个：感染性疾病诊治协同创新中心；
国际科技合作基地1个：肝病和肝移植研究国际科技合作基地——国家国际科技合作基地（示范型类）；
浙江省临床医学研究中心2个：（1）浙江省感染性疾病临床医学研究中心、（2）浙江省肝胆胰疾病临床医学研究中心；
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省、部级重点实验室13个：（1）卫生部多器官联合移植研究重点实验室、（2）卫生部传染病重点实验室、（3）浙江省器官移植重点研究实验室、（4）浙江省传染病重点实验室、（5）浙江省血液肿瘤诊治重点实验室、（6）浙江省肾脏疾病防治技术研究重点实验室、（7）浙江省精神障碍诊疗和防治重点实验室（培育）、（8）浙江省临床体外诊断技术研究重点实验室、（9）浙江省胰腺病研究重点实验室、（10）浙江省药物临床研究与评价技术重点实验室、（11）浙江省增龄与理化损伤性疾病诊治研究重点实验室、（12）国家中医药科研三级肾病免疫实验室、（13）国家中医药科研三级中药血液病药理实验室；
省、部级研究中心、基地7个：（1）教育部电子病历与智能专家系统工程研究中心、（2）肝病和肝移植研究浙江国际科技合作基地、（3）消化道肿瘤研究浙江国际科技合作基地、（4）浙江省2011协同创新中心-感染性疾病诊治、（5）浙江省医学人工智能工程实验室、（6）干细胞与细胞免疫治疗浙江省工程实验室、（7）数理心理健康浙江省工程研究中心
浙江省重大疾病诊疗中心4个：（1）重症胰腺疾病诊治技术研究中心、（2）胃肠恶性肿瘤诊治技术研究中心、（3）重症肝胆疾病（移植）诊治技术研究中心、（4）肺部肿瘤诊治技术研究中心
国家药物临床试验机构专业组14个：感染药物、心血管药物、泌尿药物、眼科药物、血液药物、消化药物、呼吸药物、内分泌药物、肿瘤药物、肾病药物、耳鼻咽喉药物、皮肤药物、精神药物、艾滋病药物。
